<?php
  echo '<input type="checkbox" value="1"'.($value == 1 ? ' checked="checked" ' : '').' />';
  echo '<input type="checkbox" value="2"'.($value == 2 ? ' checked="checked" ' : '').' />';
?>

มีค่าเป็นหลายค่า คือติดที่การวนลูปค่ะ
$sql="select * from meeting_tools";        
$dbquery=mysql_db_query($dbname, $sql);        
$numrows=mysql_num_rows($dbquery);                
$sql2="select tool_id from meeting_room where room_id='$edit_room_id' ";        
$dbquery2=mysql_db_query($dbname, $sql2);        
$result2=mysql_fetch_array($dbquery2);                
$all_tool=$result2[0];        
$all_tool2=split(",", $all_tool);        
$count=count($all_tool2);                
while($result=mysql_fetch_array($dbquery))         {            
$tool_id=$result[tool_id];            
$toolname=$result[toolname];                        
echo $tool_id;                        
for ($i=0;$i<$count;$i++)             {                
echo $all_tool2[$i];                
if($tool_id == $all_tool2[$i])                 {                    
echo "<input type=\"checkbox\" name=\"checktool[$x]\" value=\"$tool_id\" checked='checked'/>$toolname<br>";                
}else                 {                    
echo "<input type=\"checkbox\" name=\"checktool[$x]\" value=\"$tool_id\" />$toolname<br>";                
}            
}        
}
นี่คือโค้ด

ลองประยุกต์ดูสิครับหลักการมันก็อยู่ตรงที่ อยากให้อันไหนถูกเลือก ก็ให้ใส่ checked="checked" ลงไป โดยใช้ if ตรวจสอบเงื่อนไข

($value == 1 ? ' checked="checked" ' : '')